Muzeu Arkeologjik Butrint u krijua në v. 1950 në mjediset e fortesës veneciane, në akropolin e qytetit antik të Butrintit, me materialet arkeologjike të zbuluara nga Misioni Arkeologjik Italian i drejtuar nga L. M. Ugolini (shih), që shpëtuan nga shkatërrimet e Luftës II Botërore.
Fillimi i gërmimeve sistematike në këtë qytet nga arkeologët shqiptarë shtoi ndjeshëm objektet dhe monumentet arkeologjike, të cilat u pasqyruan përmes disa rikonstru-ksioneve të muzeut dhe në mënyrë të veçantë të atij të v. 1988, kur muzeu mori formën e plotë. Historia e qytetit me lindjen, zhvillimin e rënien e tij shtjellohet me anën e materialit arkeologjik dhe me burimet e shkruara të autorëve antikë.
Prezantimi edhe i qendrave të tjera më të vogla të banimit në zonën përreth Bu-trintit sqaron më mirë kushtet e lindjes e të lulëzimit të qytetit të Butrintit gjatë periudhës helenistike dhe periudhës romake. Monumentet e zbuluara dhe të ruajtura mirë, si dhe mjedisi piktoresk e kanë kthyer atë në qendrën më të rëndësishme arkeologjike të vizitueshme në Shqipëri.